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Browser Chip - Ein echter Privatmodus mit Tor

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Each ChIP-seq or chromatin accessibility sample has a unique sample identifier. A web interface has been designed to provide user-friendly access and visualization.

The result page displays detailed annotations, analysis results and quality control metrics for each sample. To track the source of the original sample, links to citations and the data repository are provided.

In addition, Cistrome DB provides a list of putative target genes of the factor for each sample. Users can view the complete ranked list of putative target genes or search for a gene of interest by the gene symbol.

Cistrome DB contains two options for searching. One is through a selection list and the other is based on an advanced search menu.

Users can select a sample of interest from a list of factors and biological sources, or search by factor name, cell type, GSM accession number or other keywords.

Each search produces a table of matched samples. Users can then view detailed data annotations and analyze results by clicking on the table entry.

Users can start their data explorations either by keyword search or by selecting a species and looking at lists of factors or biology sources.

Searching produces a table of matched samples. Cistrome DB makes it easy to query one factor in multiple cell types or multiple factor types within a single cell type.

Cistrome DB provides four layers of content for each sample. First, it provides a manually curated metadata annotation, including the species, factor name, biological source, citation and data accession number.

Second, it presents analysis results, including a peak file, a read density file, motif scan results, putative target genes and summaries of the distribution of peaks across different genomic locus categories.

Third, it provides comprehensive QC metrics at the read, peak and annotation levels. Finally, it provides functions to analyze and visualize these samples; users can directly send data to the Cistrome analysis pipeline Cistrome AP or load data to the UCSC and WashU genome browsers for visualization.

Both single-sample and batch visualization are supported. We present Cistrome DB, the most comprehensive knowledgebase and data portal for ChIP-seq and chromatin accessibility data in human and mouse.

Cistrome DB is a valuable resource for transcriptional and epigenetic regulation studies. Transcriptional regulation is a complex process, which is controlled by hundreds of TFs, cofactors and chromatin regulators With the Cistrome DB data, users can systematically investigate patterns of transcription factor or chromatin regulator binding and histone modifications related to their research questions.

Chromatin profiles in diverse cell types and under various experimental conditions can be used in tissue specific or cell developmental studies Experimentalists can use our historical quality control data to evaluate the quality of their own ChIP-seq or chromatin accessibility experiments.

In the future, the utility of Cistrome DB will be improved in several ways. Cell information, QC metrics, TF type and histone modifications can be further classified.

In addition we will also integrate Cistrome DB with other data. Cistrome DB is more than a data repository, it also allows users to visualize and explore the data.

In comparison with other resources, Cistrome DB is by far the most comprehensive database for curated and analyzed ChIP-seq and chromatin accessibility data.

The authors would like to acknowledge Sujun Chen, Qi Liao and Sheng'en Hu for their helpful discussions about the project. Park P. ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology.

Google Scholar. Furey T. ChIP-seq and beyond: new and improved methodologies to detect and characterize protein-DNA interactions. Thurman R. The accessible chromatin landscape of the human genome.

Schmidt D. Song L. DNase-seq: a high-resolution technique for mapping active gene regulatory elements across the genome from mammalian cells.

Cold Spring Harb. Barski A. High-resolution profiling of histone methylations in the human genome. Buenrostro J.

Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position.

Barrett T. Nucleic Acids Res. Edgar R. Gibson R. Biocuration of functional annotation at the European nucleotide archive.

Djebali S. Landscape of transcription in human cells. Bernstein B. Wang Q. Chacon D. BloodChIP: a database of comparative genome-wide transcription factor binding profiles in human blood cells.

Ziebarth J. Gerstein M. Qin Q. BMC Bioinformatics. Meyer C.

1 comments

  1. Entschuldigen Sie, was ich jetzt in die Diskussionen nicht teilnehmen kann - es gibt keine freie Zeit. Aber ich werde befreit werden - unbedingt werde ich schreiben dass ich in dieser Frage denke.

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